Tijekom njegova pontifikata, najviše je Hrvate uznemirilo to što je pitanje kanonizacije kardinala Stepinca uključivalo dijalog sa srpskim patrijarhom Irinejom.
Papa Franjo je 2019. godine, u razgovoru s hrvatskim novinarom Silvijem Tomaševićem na povratku iz Bugarske i Makedonije, izjavio da se „još mora proučiti povijest prije nego što se Stepinca može proglasiti svetim“. Dodao je i da mu u tom procesu posebno pomaže patrijarh Irinej.
Takve izjave duboko su pogodile hrvatski narod.
Tada sam nazvala patera Smiljana Kožula, poznatog karizmatičnog fratra sa zagrebačkog Sigeta, koji je još kao mladi profesor u Rimu, zajedno s autorom prve biografije Alojzija Stepinca, Aleksom Benigarom, tajno prikupljao materijale i sredstva za Stepinčevu kanonizaciju.
Sjećam se njegove vjere i radosti tijekom tog razgovora. Umirivao je vjernike porukom da se ne trebaju brinuti, jer – kako je rekao – „svetost nije ljudska, nego Božja stvar.“
Pritom je proročki najavio: „Doći će papa nakon Franje koji će Stepinca proglasiti svetim.“ Nije ni pomišljao da bi to mogao učiniti Papa Franjo.
„Problem je u tome što Papa Franjo vjeruje da je patrijarh Irinej Božji čovjek, a ne vidi da i on i Srpska pravoslavna crkva sustavno rade protiv Stepinčeve kanonizacije“, rekao je tada pater Smiljan.
Dodao je još i: „Bogu se ne žuri. Doći će papa koji će Stepinca proglasiti svetim.“
U tom razgovoru pater Smiljan jasno je rekao da je Stepinčeva svetost neupitna. Naglasio je da je upravo
Stepinac, u najtežim trenucima povijesti, bio čovjek koji je spašavao živote – ne samo katolicima, već i pravoslavcima, Romima i Židovima. Mnogima je, kako bi ih zaštitio, pomagao da dobiju potvrde o prelasku na katoličanstvo.
